מיכאל שלום.
לדעתי אתה מבלבל שני דברים נפרדים. היטל השבחה (שמשולם למועצה המקומית) ודמי היתר (או היוון קרקע) למנהל מקרקעי ישראל.
במקרה של מ.מ.י תצטרך לשלם עבור 40 מ"ר זכויות נוספות מעל ה160 המותרות בהסכם החכירה. התשלום יהיה ע"ב הערכת שמאי לשווי הזכויות .
היטל השבחה יחול על הנכס במקרה ובו בתקופה שממועד רכישת הקרקע ועד בקשת ההיתר היה שיפור בזכויות הבניה. ההשבחה תחול על תוספת הזכויות ותהיה כ 50% משווי הזכויות הנוספות.